农业生产是一个开放的系统。根据来源不同，影响农产品质量安全的危害因素主要包括农业种养殖过程可能产生的危害、农产品保鲜包装储运过程可能产生的危害、农产品自身的生长发育过程中产生的危害、农业生产中新技术应用带来的潜在危害等4个方面。

①农业种养殖过程可能产生的危害：包括因投入品不合理使用或非法使用造成的农药、兽药、硝酸盐、生长调节剂、添加剂等有毒有害残留物，产地环境带来的铅、镉、汞、砷等重金属元素，石油烃、多环芳烃、氟化物等有机污染物，以及六六六、滴滴涕等持久性有机污染物。

②农产品保鲜包装储运过程可能产生的危害：包括贮存过程中不合理或非法使用的保鲜剂、催熟剂和包装运输材料中有害化学物等产生的污染。

③农产品自身的生长发育过程中产生的危害：如黄曲霉毒素、赤霉素、沙门氏菌、禽流感病毒等。

④农业生产中新技术应用带来的潜在危害：如外来物种侵入等。