食用农产品的污染主要来自两个方面：一方面是农业生产过程中，化肥、农药的过量施用以及不恰当的污水灌溉极易造成农产品的污染，影响食品安全；另一方面是养殖业在生产加工过程中，在禽畜饲料中加入化学激素类物质等导致农牧产品品质降低，或含有有毒有害化学残留物，使食品造成污染，引起食用者中毒。

从污染的途径和因素考虑，可归纳为四大污染类型。

①物理性污染。是指由物理性因素对农产品质量安全产生的危害，是由于在农产品收获或加工过程中操作不规范，在农产品中混入有毒有害杂质，导致农产品受到污染，该污染可以通过规范操作和加强监管等手段加以预防。

②化学性污染。是指在生产、加工过程中不合理使用化学合成物质而对农产品质量安全产生的危害。如使用禁用农药，过量、过频使用农药、兽药、渔药、添加剂等造成的有毒有害物质残留污染。该污染可以通过标准化生产以及严厉打击各种违规违法行为进行控制。

③生物性污染。是指自然界中各类生物性因子对农产品质量安全产生的危害，如致病性细菌、病毒以及毒素污染等，2004年亚洲地区流行的禽流感就是病毒引起的。生物性危害具有较大的不确定性，控制难度大，有些可以通过预防控制，而大多数则需要通过采取综合治理措施。

④本底性污染。是指农产品产地环境中的污染物对农产品质量安全产生的危害。主要包括产地环境中水、土、气的污染，如灌溉水、土壤、大气中的重金属超标等。本底性污染治理难度最大，需要通过净化产地环境或调整种养品种等措施加以解决。