为共建科技合作平台，上海市农科院与崇明县人民政府于2005年12月联合组建了上海绿色生态农业研究中心。中心成立以来，紧密围绕崇明生态岛总体规划和建设世界级生态岛的总体目标，全面加强在种源农业、生态农业、数字农业、装备农业等领域的合作，积极争取和承担国家、市级重点攻关项目，联合开展绿色生态农业科技创新和示范应用，取得了一系列阶段性成果。
在种源农业研究上，围绕崇明的水稻、花菜及传统地方特色农产品，开展种质资源的提纯复壮和创新利用工作。一是对申优4号、申优10号等10余个上海自主知识产权的优质高产杂交粳稻新组合、新品系进行筛选和评价，并在崇明现代农业园区全面开展申优4号规模化制种、推广和示范工作。二是对崇明本地常规花菜种质资源进行收集、保存和复壮，通过引种和试种试验，使崇明的花菜品系由中晚熟扩大为早中晚熟，丰富了花菜种质资源库。三是利用高频组织培养等方法对崇明水仙等传统地方特色种质资源进行了种性提升创新。

    在生态农业方面，主要围绕农业立体污染的综合防控、农作物废弃物的综合利用、水稻新优势杂草的控制等方面开展研究和试验。一是完成了农业立体污染防控监测布点和数据资料的采集工作；二是获得了从十字花科菜叶中提取硫葡糖苷葡糖水解酶粗品的提取方法，以高萝卜硫素前体含量为目标，筛选了100多份花椰菜、青花菜材料，为花菜废弃物的加工利用奠定了基础。三是对水稻区域性多年生恶性杂草"线状匍匐茎藨草"的防治也取得了突破性进展，研究出一套能高效防治该恶性杂草的方法。

    该中心下一阶段将继续围绕种源农业和生态农业开展工作。一是加强对崇明金瓜、白扁豆、香酥芋等传统优势地方特色农产品种质资源的开发和利用研究。二是加快杂交粳稻新组合规模化杂交制种和示范，完成优质新品种的更替；开展黄桃、梨等果树新品种的引种技术研究，探索林相改造及其林业资源综合利用新途径。三是加快建立农业立体环境监测站，加速数据采集分析工作，获得第一手的农业环境监测数据和资料；利用市农科院在有机水稻、有机蔬菜和有机果树方面的研究成果，在崇明良裕现代农业园区等基地开展关键技术的集成与应用。四是继续开展以新品种推广、新科技培训等为主要内容的四季安全生产行动计划，加快新品种、新技术、新成果的示范和应用；逐步完成农业科技人员、农业科技指导员和新型农民的人才培训。

    9月1日，市农科院与崇明县政府召开了上海绿色生态农业研究中心第二次联席会议，崇明县县长赵奇、副县长朱正标，市农科院院长吴爱忠、副院长顾晓君，以及双方有关部门负责人出席了会议。会议提出：要将上海绿色生态农业研究中心建设成为国家级绿色生态农业研究平台、展示平台和培训交流平台。