棉子壳可以种双孢菇，但由于双孢菇是草腐菌，以吸收纤维素为主要营养源，稻草和麦草都是提供纤维素营养为主的好原料；棉子壳以提供木质素为主的营养源，适合木腐菌生长，蘑菇不能全部利用棉子壳的营养，所以损失较大，除了新疆以外，很少有人用棉子壳种蘑菇，所以这方面的资料较少，根据查阅，提供以下配方作参考：（每111平方米面积的投资）

棉子壳3380公斤，麸皮155公斤，玉米粉117公斤，尿素48公斤，普钙或过磷酸钙78公斤，石膏39公斤，石灰117公斤。

建堆方法是：料加发酵剂一次加入，加水的料水比为1：1.2，翻料三次后建成宽2米，高1米的长形推，表面盖稻草，四周围膜，堆温达到60-75摄氏度时，维持6小时候翻推，翻三次一调节PH8-9，温度60-65摄氏度。