不能直接用棉籽种植金针菇。因为，棉籽包含两部分内容，外层是棉子壳（包括残留的短绒），内层是棉仁，一般种植金针菇用的是棉子壳。

棉子壳又叫棉籽皮，是棉籽脱壳取仁后的副产品。据分析，棉子壳含氮1.5%、磷0.66%、钾1.2%、多聚戊糖22-25%、纤维素37-48%、木质素29-42%、碳氮比为79-85:1。棉子壳偏碱性，通透性好，蓄水性较强，广泛用于食用菌的栽培。但棉子壳经高压灭菌后易释放出醛、酮、羧酸类的有毒物。除草菇和平菇栽培外，其他各类食用菌不可全用棉子壳栽培，只能部分添加。一般加入1/2或1/4不等。在金针菇、黑木耳培养料中一般添加1/2，香菇料中加1/10、1/5。金针菇培养料中加棉子壳过多，如果棉酚含量达3%时，就会抑制菌丝生长，推迟现蕾，菇质软，菇味变苦，菇型小。如果棉酚达到5%时，就会使菌丝停止生长。

所以，在利用棉子壳做培养料时，应该注意壳上的绒不宜过长或太多，要有一定数量的短绒，棉子壳色泽应灰白或雪白，棉子壳内不能含有超量的棉籽仁。棉子壳储存过程要防潮、防霉、防结块、防生虫。