我国转基因食品安全评价遵循国际食品法典委员会的标准，从营养学评价、新表达物质毒理学评价、致敏性评价等方面进行评估。

转基因食品营养学评价主要包括对主要营养成分、抗营养因子和营养素生物利用率的评价。如果是以营养改良为目标的转基因食品，还需要对其营养改良的有效性进行评价；转基因食品毒理学评价主要是指从毒理学的角度，研究转基因食品中是否存在有毒、有害物质，是否影响其安全性；转基因食品致敏性评价主要是指评价外源基因表达的新蛋白质是否会引起过敏的可能性。

转基因食品关键成分分析评价主要包括对营养素、天然毒素及有害物质、抗营养因子、水分、灰分等其他物质以及非预期成分的分析。