根据国务院《植物检疫条例》和农业部《国外引种检疫审批管理办法》的规定，日本水稻种子在上海是首次引进的，必须申办植物检疫许可审批。

1.审批条件：引进水稻种子一定要有集中种植的隔离试种地，隔离试种时间不得少于一个生育周期；且只能作为生产试种引进，引进量是2亩的用种量。

2.需要提交的材料：

(1)提交《引进国外植物种苗检疫审批申请书》；

(2)提交《中华人民共和国农业部动植物种苗进(出)口审批表》；

(3)引种前选定好水稻种子引进后隔离试种地点和制定好种植计划；

(4)需提供该水稻在日本生产期间的病虫害发生情况；

(5)提交引种日本水稻理由和引进后的用途等书面材料。

3.办理时限：审批办理机构在收到申报资料之日的5个工作日内作出是否受理的决定；自受理之日起20个工作日内作出行政审批的决定。上述时间不包括专家评审和风险分析时间。

本市国外引种检疫审批的办理机构是上海市植物保护植物检疫站，地点：吴中路628号，联系电话：021-64052109。你可以在上海农业委员会政务网上申请和查询结果。