根据《上海市农业机械报废更新补贴实施方案》，农业机械报废更新补贴的操作流程如下：

　　1. 报废旧机。机主自愿将拟报废的农机交售给回收企业。回收企业核对机主信息和拟报废农机信息，向机主出具《上海市报废农业机械回收、拆解或销毁确认表》（以下简称《确认表》），向区农业农村委、市属有关单位提供机主和报废农机信息。回收企业及时对回收的农机进行拆解并建立档案，对国家禁止生产销售的发动机等部件进行破坏性处理。拆解档案应包括铭牌或其它能体现农机身份的原始资料，保存期不少于3年。区农业农村委、市属有关单位应对回收企业拆解或者销毁农机进行监督。对未达到报废农机的使用年限等技术条件而确需报废的农机，经区农业农村委、市属有关单位审核后，允许实施报废并申请相关补贴。

　　2. 注销登记。纳入牌证管理的拖拉机和联合收割机机主持《确认表》和相关证照，到区农业农村委依法办理牌证注销手续。区农业农村委核对机主和报废农机信息后，在《确认表》上签注“已办理注销登记”字样。

　　3. 兑现补贴。机主凭有效的《确认表》，填写《上海市农业机械报废补贴申请表》(附件3)，向区农业农村委、市属有关单位提出申请。区农业农村委、市属有关单位会同财政部门进行审核，并将补贴对象、报废机具信息、补贴金额等内容予以公示。信息公示无异议后，财政部门向符合要求的机主兑现补贴资金。区农业农村委、市属有关单位应按照报废补贴机具总量不超过购置补贴机具总量的原则，合理确定年度报废补贴农机数量。