番茄苗期病害主要有猝倒病、立枯病两种。

1.猝倒病。主要症状是茎基部出现水渍状病斑，很快变成黄褐色，病部缢缩呈线状，病害发展迅速，湿度大时，成片幼苗猝倒。病苗残体表面及附近床面上长出白色絮状菌丝。

2.立枯病。主要症状是茎基部产生褐色椭圆形病斑，发病初期白天萎蔫，晚上恢复正常，病部有轮纹，病斑渐凹陷，扩大到绕茎一周时，基部干缩，但不产生白絮状霉层，这是与猝倒病的不同之处。

另外，番茄苗期容易沤根。所谓沤根就是因湿度过大、土壤板结导致番茄苗出土后不长新根，造成地上部萎蔫枯死，幼苗很容易拔起。

防治苗期病害应采用育苗钵或50孔穴盘育苗，也可在育苗盘中播种，待子叶伸展后移入育苗钵或穴盘中，为幼苗创造良好的生长条件，增强幼苗的抗病能力；发现中心病株后即选用98％绿亨一号（恶霉灵）3000倍液喷雾，每10天1次，连续2～3次，可减轻发病。