根肿病菌是一种在土壤中存活7至10年的古生菌，在十字花科蔬菜多年连作的土壤里根肿病菌积累多，极易成灾，所以，防治根肿病最经济有效的办法是十字花科蔬菜与其它作物换茬轮栽。最好是和水生作物（水稻，水芹，莲藕）轮换种植。可以大幅度降低发病概率和病情的严重度。
现在已经发病了，可以采用两种不同的处理方法来减轻病情。一种是用石灰来调节土壤的PH值。最好在青菜移栽前把石灰粉翻入土中。或是在青菜定植后用石灰水浇根。另一种方法浇多菌灵药液，也有一定的作用。
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