培育苗芽菜需要有光照的环境，在培育苗芽菜过程中即使不使用肥料，仅在碗豆膨胀、发芽长成幼苗这个时间段，必有大量的有机质溶解到水中，使水质变肥。肥水遇到光照，原先散落在水中很难找到的单细胞绿藻会大量繁殖，把水染成绿色。绿藻也不停地生长，同时也在不停地死亡。绿藻尸体腐烂时会游离出大量蛋白质，诱发病害，对芽苗菜的生长极为不利。要彻底根除绿藻是很难做得到的，除非在灭菌、密封的环境中，一般难以满足。唯一的办法是将绿藻控制在一定的范围之内。解决的办法有三条：一是加强水质管理，提倡用新鲜水，不要反复循环使用；二是盛水的容器和过水的管道用漂白粉或石灰水处理，杀死附着在管壁上的绿藻单细胞体；三是药剂处理，可以用低浓度的硫酸铜（0.05%）或50PPM的高锰酸钾处理水溶液，直接杀死水中的绿藻。