食用菌的废料完全可以再利用。食用菌的培养料主要是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸杆，由于这些原料的主要成分是不溶于水或难溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，不能被动植物直接吸收，而食用菌却能分泌溶解这些物质的酶，并将它们分解成可溶于水、能被食用菌细胞吸收的小分子糖、酸、醇等。在这些酶的参与下，食用菌不断获得营养，菌丝体不断发展充实，长成子实体，子实体（菇）采收后，培养料（废料）里留下的大量菌丝体含有营养丰富的菌体蛋白。例如，原料中的粗蛋白含量是2-8 %，废料则为7.2－9.5%；原料中的粗脂肪含量是0.4-2.4%，废料则为2.7－6.7%；又如原料中的粗纤维含量是29.5－40.2%，废料则为15-28.2%；再如原料中的木质纤维含量是14.5-15.1%，废料则为10.9－11.4%。特别是经食用菌菌丝分解后的秸杆表面的角质层和硅细胞组织及纤维，由于结构遭到破坏，所以质地疏松，气味芳香，适口性好，是一种营养价值高的饲料。因此，食用菌废料的再利用不仅能变废为宝，改善生态环境，还可使整个食物链循环中的生物能得到充分利用，符合可持续发展方向。利用方法：

1.二次利用：如平菇废料可再次作蘑菇或草菇的原料，蘑菇废料可再种草菇等。

2.综合利用：食用菌废料可生产沼气、饲养蚯蚓、加工有机肥，以及充当燃料等。

3.饲料利用：食用菌废料还可加工成营养丰富的菌糠饲料，用来饲养畜禽和鱼类。其方法是将收了2－3茬菇的食用菌培养料，去除污物，选含有大量菌丝、食用菌风味浓厚的料，太阳晒干后进行粉碎，并加入10－20%的米糠，用适量水拌和，放在缸中适当压实，发酵1－2天，有酒香味时即成菌糠饲料；如果用来喂鱼，可加适量的盐、过磷酸钙、尿素，同时拌入人畜粪，发酵45天后再搅拌均匀，封闭半个月后即可使用。注意：制作菌糠饲料时，料内不能含有石灰和农药残留；食用菌培养料以熟料为好。