光合细菌可以用于鱼、虾等水产业生产，主要是清除水中粪便等污物，可以降低水质污染、净化水质。由于水质净化，对某些细菌、病毒在水中繁殖有抑制作用，从而减少病原对鱼、虾的侵袭。另外，光合细菌的代谢物中可以对某些病毒有抑制作用，故光合细菌对预防这些病有辅助作用。
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