使用有益菌后，如果操作不当会引起池水环境变化，导致虾幼体大批死亡。对虾育苗过程中，由于虾苗密度高，投饵量大，育苗池水质恶化严重，往往会同时出现两个状况：

1.残饵、粪便等有机物分解产生大量氨氮；

2.)池水PH值降低，呈偏酸性。氨氮是有毒的，其毒性大小是由池水PH值高低决定的，池水PH值越低，毒性越小。在未使用有益菌之前，虽然池水中氨氮含量很高，但因池水的PH值偏酸性，所以毒性较小。但是使用有益菌之后，有益菌中含有的硝化菌将水体中的氨氮分解为亚硝酸盐。亚硝酸盐的毒性大小也是由池水PH值高低决定，但与氨氮相反，池水PH值越低，毒性越大。

氨氮与亚硝酸盐对于水产动物都有很大的毒性，但在酸性池水中，氨氮毒性较小，亚硝酸盐则相反。在池水PH呈偏酸性的情况下，加入有益菌后，因硝化菌的作用，原来低毒的氨氮变成了高毒的亚硝酸盐，这就是使用有益菌引起对虾幼体大批死亡的原因。