鱼类常见的霉菌类真菌是水霉。平时水霉是以孢子状态存在于水体中或鱼类体表，当水温条件适宜时（一般为5～26℃，最适13～18℃）会萌发成菌丝体。孢子很小，需要用显微镜放大100倍才能看清；一个孢子萌发出的菌丝体很细，肉眼看不清。但数以万计的菌丝体交织在一起，就成为一撮白色棉花状物，显而易见，此时菌丝体末端会插入鱼的皮肤，一旦病鱼体表出现肉眼可见的症状，就难以用药物进行治疗。因此，对水霉病只能采用预防措施。水霉属于腐生菌，只有受伤的鱼体才会感染水霉病。只要及时采用孔雀石绿或次甲基蓝等药物进行长期药浴，可以有效抑制孢子萌发，待鱼体伤口愈合后，孢子就无法再在原伤口处附生。预防水霉病可采用0.05～0.1毫克/升浓度孔雀石绿或2～4毫克/升浓度次甲基蓝药浴数天。池水水质较肥时，应适当提高用药浓度；鱼体受伤较严重时，隔2天再用一次药物。

在此值得一提的是不少观赏鱼爱好者往往把一些具有腐皮症状的细菌病与水霉病混淆。细菌与霉菌是两类不同的病原生物，前者是细菌后者是真菌，防治这两类疾病所采用的药物也是不同的，并且自然界中细菌与真菌存在着生物竞争，当水体中存在一定数量细菌时，可以抑制水霉的生长。如果养殖水体中和观赏鱼体表已有较多数量的水霉孢子潜伏，并且水温也适宜水霉生长，此时如果对于受伤的观赏鱼采用抗菌药物消毒就会“适得其反”，抗菌药物杀灭了一部分细菌，但杀不死水霉的孢子，这样反而会促使水霉菌疯长而加重病情。